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La Riserva Marina si estende lungo tutta la costa delle Cinque Terre, tra i due promontori di Punta Mesco a ovest e Punta Montenero a est. Alle pareti a strapiombo si succedono i fondali rocciosi vicino alla riva, che precedono quelli sabbiosi quando la profondità aumenta.
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Proprio le due estremità di Punta Mesco e Capo Montenegro sono le più ricche di vita in quanto ospitano specie rare come, oltre l' Eunicella verrucosa, la rarissima Gerardia savaglia, o il Corallo nero. A Punta Mesco, cosa inconsueta per il resto del Mediterraneo, già a 15/20 metri di profondità si possono osservare magnifici ventagli di Paramuricea clavata, la Gorgonia rossa.
Tutt'altro che trascurabili le specie animali che in questo mondo sommerso hanno trovato il loro habitat. Osservando con attenzione la superficie delle acque di questa zona è possibile incontrare regolarmente almeno otto specie diverse di cetacei tra cui spiccano i delfini e le balene, grazie alle quali il tratto di mare in questione è stato inserito nel Santuario dei Cetacei, un'area protetta internazionale.
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Il fondale costiero roccioso, caratterizzante la quasi totalità dell'area protetta, se si escludono le spiagge di Monterosso e Corniglia, agevola l'insediamento di numerose specie algali. Alle varie profondità si osserva infatti una grande presenza di questi organismi che, grazie alla loro capacità di produrre nutrimento a partire dall'energia solare, realizzano il primo anello della catena alimentare.
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La Posidonia, invece, è una pianta marina, piuttosto diffusa sui fondali sabbiosi delle Cinque Terre: a parte diverse macchie di varie dimensioni sparse qua e là, a Monterosso è presente una vera e propria prateria che si estende,a partire da una profondità di 5-8 metri sino a 20-25, da Punta Mesco alla spiaggia della Fegina.Nella zona di Corniglia è invece presente la Cimodocea, un'altra pianta dalle caratteristiche simili alla Posidonia, che qui forma una piccola prateria.
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In una superficie di fondale relativamente ridotta come quella delle Cinque Terre, condividono lo spazio vitale numerosissime specie, alcune poco frequenti in altre località del Mediterraneo, ciascuna delle quali rappresentata da un notevole numero d'individui, come ad esempio, la gorgonia Eunicella verrucosa e il mollusco Luria lurida.
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La relativa torbidezza di queste acque, riducendo l'illuminazione dei fondali, consente inoltre d'osservare a pochi metri di profondità diverse specie "sciafile", amanti cioè della penombra, che solitamente vivono a profondità più impegnative, come la Paramuricea clavata, la più bella gorgonia del Mediterraneo.
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La Via dell'Amore:
ci si immerge sul cappello della secca da circa 15 metri di profondità, su fondale detritico fino ai 18 metri, per poi scendere fino ai 32, a fianco di una parete rocciosa ricca di aragoste e gorgonie.
Il Panettone:
in corrispondenza della Punta di Montenero si parte da un fondale detritico a 9 metri di profondità per poi scendere fino ad un pinnacolo ricco di gorgonie. Dopo di questo si incontra la secca, dai 35 ai 25 metri di profondità, ricca di aragoste, saraghi e gorgonie.
La franata di Corniglia:
di fronte a Corniglia si scende fino ad una profondità massima di 18 metri, accessibile quindi a qualsiasi tipologia di brevetto. Qui si trovano murene, gronghi, aragoste e re di triglie, numerose donzelle e begli esemplari di Pinna nobilis.
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